Медична служба відповідає за медичне забезпечення ліцеїстів та військовослужбовців. Медична служба Київського військового ліцею імені Івана Богуна з медичним пунктом є структурним підрозділом управління Київського військового ліцею імені Івана Богуна, який призначений для організації та здійснення медичного забезпечення ліцеїстів.
До складу медичного пункту входять: лазарет на 30 ліжок, аптека, лабораторія, маніпуляційна, перев`язувальна, санітарний пропускник, їдальня, оглядовий кабінет, стоматологічний кабінет. Медичний пункт оснащений електрокардіографом, УВЧ, інгаляторами тощо. У медичному пункті організовано цілодобове чергування медичних сестер.
